同屬綠線的小南門線在2000年通車後，為不影響"淡水－新店"正常運作，暫以"西門－中正紀念堂"列車獨立運轉於中正紀念堂站與西門站，2013年隨信義線通車後，小南門線延駛至台電大樓站，與新店線直通營運，於2014年底起正式與新店線及松山線合併為松山新店線，同時捷運站內標示的"淡水線"與"小南門線"改為松山新店線。

新店線另有小碧潭支線自七張站分出，以單線雙向方式行駛（新店線交流道至七張站除外，該段為避免影響新店線，以雙線雙向行駛），並利用大坪林站與七張站間的袋狀軌調度。